Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση άδειας συλλογής υδρόβιων οργανισμών για ερευνητικούς σκοπούς, την ίδρυση ιχθυόσκαλων και τον καθορισμό της έδρας αυτών, την κατάρτιση προγραμμάτων ιχθυοτροφικής ανάπτυξης των ορεινών ρεόντων υδάτων, καθώς και για θέματα γεωργικών εκμεταλλεύσεων στο πλαίσιο των σχετικών κανονιστικών ρυθμίσεων.