Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση άδειας συλλογής υδρόβιων οργανισμών για ερευνητικούς κοπούς, την κατάρτιση προγραμμάτων ιχθυοτροφικής ανάπτυξης των ορεινών ρεόντων υδάτων, καθώς και για θέματα γεωργικών εκμεταλλεύσεων στο πλαίσιο των σχετικών κανονιστικών ρυθμίσεων.

Τμήμα Αναδασμού και εποικισμού, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για το συντονισμό των εργασιών αναδασμού – εποικισμού στη Δυτική Μακεδονία, τη συμμετοχή σε επιτροπές που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία και σε επιτροπές ανάθεσης μελετών στον ιδιωτικό τομέα, την επίβλεψη, έλεγχο και παραλαβή εργασιών που ανατίθενται στον ιδιωτικό τομέα, καθώς και τη συμμετοχή σε τοπογραφικά συνεργεία για την εκτέλεση εργασιών αναδασμού – εποικισμού.