Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης και Επικοινωνίας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη μέριμνα ουσιαστικής συμμετοχής του κοινού στις διαδικασίες προστασίας και διαχείρισης των υδάτων και ιδίως στη διαδικασία εκπόνησης, ενημέρωσης και αναθεώρησης των Σχεδίων Διαχείρισης υδατικών πόρων και των Σχεδίων Διαχείρισης κινδύνων πλημμύρας, καθώς και τη διοικητική υποστήριξη όλων των Υπηρεσιών της Διεύθυνσης.

Τμήμα Ανάπτυξης και Διμερών Σχέσεων, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την έκδοση αδειών χρήσης υδάτων και εκτέλεσης έργων αξιοποίησής τους, την τήρηση μητρώου έργων αξιοποίησης υδατικού δυναμικού, έργων επεξεργασίας υγρών αποβλήτων και προστασίας υδατικών πόρων, την επιβολή σε υφιστάμενα ή σε νέα έργα και δραστηριότητες που είναι πιθανό να υποβαθμίσουν τα ύδατα, τους περιορισμούς και τα μέτρα που είναι πρόσφορα για την προστασία τους, καθώς και το συντονισμό όλων των φορέων για θέματα που σχετίζονται με τη χρήση και την προστασία των υδάτων.

Επίσης, είναι αρμόδιο για την εφαρμογή διεθνών, περιφερειακών και διμερών συμφωνιών και οδηγιών για θέματα διαχείρισης και προστασίας υδάτων.

Τμήμα Παρακολούθησης και Προστασίας των Υδατικών Πόρων, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη συγκέντρωση και επεξεργασία των στοιχείων της ποσότητας και της ποιότητας των υδάτων, την παρακολούθηση και τον έλεγχο των ποιοτικών παραμέτρων και την ποσοτική κατάσταση των προστατευόμενων περιοχών, τη διαχείριση της ποιότητας των υδάτων κολύμβησης, την εφαρμογή μέτρων για τον έλεγχο των σημειακών και διάχυτων εκπομπών ρύπων στα ύδατα, την εφαρμογή Προγραμμάτων Μέτρων Προστασίας από τη ρύπανση καθώς και απορρύπανσης των υδάτων, το σχεδιασμό όλων των αναγκαίων προληπτικών μέτρων για την αντιμετώπιση έκτακτων αναγκών, την κατάρτιση και εφαρμογή των Σχεδίων Διαχείρισης και των Προγραμμάτων Μέτρων, καθώς και τη σύνταξη της ετήσιας έκθεσης εφαρμογής τους, την κατάρτιση χαρτών επικινδυνότητας και χαρτών κινδύνων πλημμύρας, κατάρτιση και εφαρμογή Σχεδίων Διαχείρισης κινδύνων πλημμύρας.

Επίσης, είναι αρμόδιο για τη λήψη των αναγκαίων μέτρων για την πρόληψη της υποβάθμισης των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων, την αναβάθμιση και αποκατάσταση των υδατικών συστημάτων, το μετριασμό των επιπτώσεων από πλημμύρες και ξηρασίες, την κατάρτιση μητρώου προστατευόμενων περιοχών και την εφαρμογή όλων των στόχων και προτύπων που προβλέπονται για τις προστατευόμενες περιοχές, για να πραγματοποιείται η ανάλυση των χαρακτηριστικών κάθε υδατικού διαμερίσματος, η επισκόπηση των επιπτώσεων των ανθρώπινων δραστηριοτήτων στην κατάσταση των υδάτων και η οικονομική ανάλυση της χρήσης των υδάτων.