Τμήμα Ελέγχου Υλικών και Ποιότητας Δημοσίων Έργων Δυτικής Μακεδονίας με έδρα την Κοζάνη και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την εκτέλεση δειγματοληψιών και δοκιμών στο εργαστήριο και το εργοτάξιο για τον έλεγχο της καταλληλότητας των εδαφών, των κατασκευαστικών υλικών και υλικών θεμελίωσης των κάθε είδους κατασκευών,−την παρακολούθηση και εκτέλεση ποιοτικών ελέγχων στα εκτελούμενα έργα και την αναγνώριση πηγών λήψης αδρανών υλικών.

Τμήμα Ελέγχου Υλικών και Ποιότητας Δημοσίων Έργων Ηπείρου με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Ηπείρου, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την εκτέλεση δειγματοληψιών και δοκιμών στο εργαστήριο και το εργοτάξιο για τον έλεγχο της καταλληλότητας των εδαφών, των κατασκευαστικών υλικών και υλικών θεμελίωσης των κάθε είδους κατασκευών, την παρακολούθηση και εκτέλεση ποιοτικών ελέγχων στα εκτελούμενα έργα και την αναγνώριση πηγών λήψης αδρανών υλικών.

Τμήμα Φυσικών Πόρων με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη διαχείριση αξιοποίησης των ορυκτών πόρων σε δημόσιες εκτάσεις και των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας με όλες τις απαιτούμενες διαδικασίες αδειοδότησης και παρακολούθησης.

Τμήμα Τεχνικής Υποστήριξης με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την έκδοση απόφασης για την παραχώρηση ερευνητικών γεωτρήσεων του ΙΓΜΕ προς εκμετάλλευση σε δήμους, την παραχώρηση χρήσης χώρων και οικοπεδικών εκτάσεων της χερσαίας Ζώνης Λιμένα για την ανέγερση κτιρίων, σε μεταλλευτικές επιχειρήσεις, καθώς και τον έλεγχο και την εποπτεία προστατευτικών έργων και προσχώσεων σε Ζώνη Αιγιαλού.

Επίσης, είναι αρμόδιο να παρέχει την απαραίτητη τεχνική υποστήριξη στη Διεύθυνση Εθνικών Κληροδοτημάτων για θέματα αρμοδιότητάς της