Τμήμα Συνοριακών Σταθμών, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη διοίκηση, διαχείριση και εκμετάλλευση των χερσαίων Συνοριακών Σταθμών, καθώς και για τη μέριμνα της άρτιας λειτουργίας τους.

Τμήμα Δημόσιας Περιουσίας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για θέματα δημόσιας περιουσίας, για τα οποία έχουν απονεμηθεί αρμοδιότητες στο Γενικό Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης από την κείμενη νομοθεσία.

Το Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για:
α) τη διενέργεια των δημοσιονομικών δεσμεύσεων και την τήρηση του μητρώου δεσμεύσεων,
β) τον έλεγχο, εκκαθάριση και έκδοση εντολής πληρωμής των δαπανών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, εντός της προβλεπόμενης προθεσμίας από το ευρωπαϊκό και εθνικό κανονιστικό πλαίσιο, την καταχώριση των στοιχείων των δικαιούχων δαπανών και την τήρηση του μητρώου αυτών,
γ) την τακτοποίηση των χρηματικών ενταλμάτων προπληρωμής και την έκδοση εντολών προς τους οικείους εκκαθαριστές αποδοχών για την επίσχεση των αποδοχών δημόσιων υπολόγων που καθυστερούν την απόδοση λογαριασμού, καθώς και την εισήγηση στο Ελεγκτικού Συνέδριο για τον καταλογισμό του υπερήμερου υπολόγου, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις,
δ) την τήρηση των λογιστικών βιβλίων και
ε) τη διασφάλιση της ορθής εκτέλεσης του προϋπολογισμού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης την εφαρμογή των κατάλληλων ελέγχων και δικλείδων ασφαλείας σχετικά με τα έσοδα, τις δαπάνες, τις προμήθειες και τα περιουσιακά στοιχεία του φορέα.»

Το Τμήμα Προμηθειών, Διαχείρισης Υλικού και Κρατικών Οχημάτων, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την κατάρτιση και παρακολούθηση εκτέλεσης του προγράμματος προμηθειών, καθώς και για λοιπά ζητήματα προμηθειών αρμοδιότητας της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την έγκριση για εγκατάσταση τηλεφωνικών συνδέσεων, τη μέριμνα για τη στέγαση και μεταστέγαση των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης και την εξασφάλιση όλων των απαραίτητων λειτουργικών υποδομών τους, καθώς και για θέματα στέγασης δημοσίων υπηρεσιών, για θέματα που αφορούν στην κυκλοφορία των αυτοκινήτων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, στην κατ' εξαίρεση έγκριση οδήγησης αυτοκινήτων από υπαλλήλους που έχουν την απαιτούμενη κατά περίπτωση άδεια οδήγησης, θέματα που αφορούν σε τροχαία ατυχήματα προκαλούμενα από μηχανοκίνητα οχήματα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την τήρηση μητρώου για όλα τα οχήματα και αυτοκινούμενα μηχανήματα των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης και τη μέριμνα για την κίνηση των οχημάτων αυτής.»

Τμήμα Εκκαθάρισης Αποδοχών, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την εκκαθάριση αποδοχών και κάθε είδους αποζημιώσεων για το τακτικό και έκτακτο προσωπικό όλης της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, τη χορήγηση φορολογικών βεβαιώσεων και βεβαιώσεων αποδοχών.

Το Τμήμα Προϋπολογισμού, Δημοσιονομικών Αναφορών και Πληρωμών, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για:
α) την κατάρτιση του τακτικού προϋπολογισμού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την παρακολούθηση και εποπτεία των οικονομικών μεγεθών από όλες τις πηγές χρηματοδότησης,
β) την αποτελεσματική διαχείριση και το συντονισμό των ενεργειών που αφορούν και έχουν επίπτωση στην κατάρτιση, αναθεώρηση και υλοποίηση του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου Δημοσιονομικής Στρατηγικής (ΜΠΔΣ) που περιλαμβάνει τις ετήσιες και μεσοπρόθεσμες δημοσιονομικές προβλέψεις,
γ) την παρακολούθηση των οικονομικών εξελίξεων και την τήρηση όλων των οδηγιών του Υπουργείου Οικονομικών και του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους σχετικά με την κατάρτιση και αναθεώρηση του ΜΠΔΣ και του προϋπολογισμού σε οποιαδήποτε χρονική στιγμή κατά τη διάρκεια του έτους,
δ) θέματα πληρωμών, όπως την παραγωγή στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Δημοσιονομικής Πολιτικής (ΟΠΣΔΠ) ηλεκτρονικών εντολών μεταφοράς και πίστωσης λογαριασμού προς την Τράπεζα της Ελλάδος για την εξόφληση των εκδιδόμενων χρηματικών ενταλμάτων με πίστωση των τραπεζικών λογαριασμών των δικαιούχων και την απόδοση των διενεργούμενων κρατήσεων υπέρ τρίτων σε αυτούς, τη μέριμνα για τη διενέργεια συμψηφισμών και απόδοση στο Δημόσιο και στα οικεία ασφαλιστικά ταμεία των οφειλών των δικαιούχων που αναγράφονται στις σχετικές βεβαιώσεις φορολογικών και ασφαλιστικών οφειλών, την ενημέρωση των δικαιούχων και των φορέων για την έκδοση χρηματικών ενταλμάτων και την πληρωμή των δικαιούχων, την καταχώριση στοιχείων και τήρηση των Μητρώων Κατασχέσεων και Εκχωρήσεων.»