Η Διεύθυνση Διοίκησης είναι αρμόδια ιδίως για τη διαχείριση θεμάτων διοίκησης ανθρώπινου δυναμικού, των υπηρεσιακών μεταβολών του προσωπικού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Ηπείρου – Δυτικής Μακεδονίας, το σχεδιασμό προγραμμάτων βελτίωσης της διοικητικής οργάνωσης των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την ενίσχυση της διαφάνειας στην Αποκεντρωμένη Διοίκηση, καθώς και για τη μελέτη και παρακολούθηση της εφαρμογής μέτρων για την απλούστευση των διαδικασιών και την ταχεία διεκπεραίωση των διοικητικών ενεργειών. Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς της και να ακολουθεί τις οδηγίες του.
Η Διεύθυνση Διοίκησης έχει έδρα τα Ιωάννινα και συγκροτείται από τις ακόλουθες οργανικές μονάδες:
α) Τμήμα Προσωπικού με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση
β) Τμήμα Τοπικής Αυτοδιοίκησης και νομικών προσώπων Ιωαννίνων, με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Ηπείρου
γ) Τμήμα Τοπικής Αυτοδιοίκησης και νομικών προσώπων Κοζάνης, με έδρα την Κοζάνη και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας
δ) Τμήμα Διαφάνειας με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση
ε) Τμήμα Γραμματείας και Πληροφόρησης Πολιτών με έδρα τα Ιωάννινα και τοπική αρμοδιότητα στην περιφερειακή ενότητα Ιωαννίνων
Στη Διεύθυνση Διοίκησης υπάγονται επίσης και οι ακόλουθες οργανικές μονάδες ανά νομό της Αποκεντρωμένης Διοίκησης πλην του νομού της έδρας:
α) Τμήμα Διοικητικού – Οικονομικού με έδρα την πρωτεύουσα του εκάστοτε νομού
β) Τμήμα Γραμματειακής Υποστήριξης και Παροχής Πληροφοριών με έδρα την πρωτεύουσα του εκάστοτε νομού
Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Διοίκησης κατανέμονται επίσης στα υπαγόμενα σε αυτή Τμήματα ανά νομό της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, πλην του νομού της έδρας, ως εξής:
α) Τμήμα Διοικητικού – Οικονομικού, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την τήρηση των στοιχείων των υπηρετούντων στο νομό υπαλλήλων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης για την έκδοση πιστοποιητικών των υπηρεσιακών τους μεταβολών, τη χορήγηση αδειών, πλην εκείνων, για τις οποίες απαιτείται σύμφωνη γνώμη του Υπηρεσιακού Συμβουλίου, την αποστολή στοιχείων στο Τμήμα Εκκαθάρισης Αποδοχών, την κίνηση της πειθαρχικής διαδικασίας και γενικά δευτερεύουσας φύσης θέματα.
Για τα θέματα οικονομικού περιεχομένου η οργανικήαυτή μονάδα υπάγεται στη Διεύθυνση Οικονομικού.
β) Τμήμα Γραμματειακής Υποστήριξης & Παροχής Πληροφοριών, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για την πρωτοκόλληση και διακίνηση της αλληλογραφίας, καθώς και τη διεκπεραίωση των εξερχόμενων εγγράφων όλων των οργανικών μονάδων του νομού, πλην εκείνων που διαθέτουν ιδιαίτερη οργανική μονάδα για το σκοπό αυτό. Την επικύρωση αντιγράφων ή φωτoαντιγράφων οποιωνδήποτε εγγράφων ή δικαιολογητικών, που τηρούνται στο αρχείο ή επιδεικνύονται από τους ενδιαφερόμενους και τη βεβαίωση του γνησίου της υπογραφής. Επίσης, έχει τη μέριμνα κοινοποίησης στο Τμήμα Διαφάνειας όλων των αποφάσεων που σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία αναρτώνται στο διαδίκτυο, την τήρηση του αρχείου και την παροχή γενικού χαρακτήρα πληροφοριών σε πολίτες.
Μέχρι την έναρξη λειτουργίας της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Εποπτείας ΟΤΑ η εποπτεία του Κράτους επί των ΟΤΑ και των νομικών τους προσώπων, όπως αυτή ορίζεται στο άρθρο 214 του ν. 3852/2010, ασκείται από το Τμήμα Προσωπικού και τα Τμήματα Διοικητικού – Οικονομικού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Ηπείρου – Δυτικής Μακεδονίας.